El microscopio es el instrumento más usado en los laboratorios que estudian los microorganismos. Su finalidad consiste en amplificar la imagen de un objeto pequeño. Existen dos tipos de microscopios: el óptico y el electrónico.
Experimentado y casi jugando con diferentes lentes se inventa, por causalidad, el primer microscopio, este intrumento óptico se estructura de manera muy rudimentaria, formado por un tubo de 8 cm. con lentes en sus extremos. Fue también un holandés, Antonie van Leeuwenhoek (1623-1723) quien logró perfeccionar el microscopio logrando observar los microorganismos presentes en el agua estancada como paramecium y otros, los espermatozoides y bacterias

.El gran avance en la historia del microscopio sucede con la aparición del microscopio electrónico donde se sustituye la luz por electrones y las lentes por campos magnéticos. El primer microscopio electrónico se debe al físico canadiense James Hillier. La resolución del microscopio ha ido perfeccionándose a lo largo de los años llegándose a ampliar la imagen de los microorganismos hasta 100 millones de veces.

Los microscopios son esenciales en los procesos de investigación científica y en el sector industrial. Son múltiples los usos y aplicaciones del microscopio, por ejemplo en el campo de la Medicina se ha avanzado en el conocimiento de enfermedades y consecuentemente en el proceso de elaboración de medidas preventivas y paliativas. También la Medicina Forense se ha beneficiado del uso del microscopio en tanto es empleado en la resolución de crímenes.
En disciplinas como la Geología y la Arqueología son utilizados para analizar trozos de roca y determinar las propiedades arqueológicas de los objetos hallados, en este caso el microscopio se modifica en su estructura denominándose estereoscopio.
Otros campos donde el microscopio ha tenido un notable protagonismo ha sido en la Alimentación y procesamiento de alimentos, la Biotecnología y en la Investigación Industrial.